觉醒系统是战斗机制的重要组成部分，分为即时觉醒和逆境觉醒两种主要形式。即时觉醒允许玩家在任何时间通过推动右摇杆触发角色变身，这种觉醒具有时间限制，适合在战斗初期快速建立优势。逆境觉醒则需角色血量降至第二道血槽（橙色状态）时，通过长按Y键激活，部分角色会持续消耗查克拉条或生命值维持觉醒状态。觉醒后角色将获得新技能或强化原有招式，但需注意奥义型角色无法使用觉醒，觉醒型角色则无法释放奥义技。
游戏提供三种作战模式：终极忍术模式、觉醒模式和传动模式。选择觉醒模式后，玩家需在战斗中积累风暴槽，槽满时长按Y键可触发真觉醒。角色会进入强化状态，例如宇智波斑可召唤木分身协同作战，而波风水门能激活飞雷神印记机制。需注意替身术使用次数显示在查克拉槽下方，觉醒期间合理利用替身术可避免被中断。
例如百豪樱需通过特定连招樱花跃命中敌人后觉醒，持续20秒并获得回血能力；九尾模式鸣人则通过方向键上持续输入触发。秽土转生角色如四代火影存在双重觉醒机制，首次觉醒为火影状态后可二次进阶。游戏内118名角色觉醒特性各异，机械鸣人等特殊角色甚至具备独立的觉醒动画与技能组。
实战中需注意觉醒状态的战术价值与风险。即时觉醒适合压制对手但持续时间短，逆境觉醒虽威力更强却会持续消耗资源。真觉醒需风暴槽满且不受攻击打断，建议在替身术充足时使用。觉醒期间部分角色会改变攻击模式，如宇智波鼬的幻术范围扩大，但同时也可能失去某些基础技能。合理规划觉醒时机与资源消耗是掌握该系统的关键。
觉醒系统的深度还体现在团队配合层面。选择传动模式时，队友会自动援护觉醒状态下的角色，形成组合攻势。部分组合如第七班或晓组织成员存在觉醒联动效果，能延长觉醒时间或增强特殊技能。觉醒状态结束时角色会进入短暂硬直，需依靠队友掩护或提前预留替身术应对反击。
